El proceso mediante el cual funciona el ARNi se puede dividir en dos etapas, a saber, la etapa inicial y la etapa efectora. En la etapa inicial, la molécula de ARN bicatenario ingresa a la célula y es cortada por una nucleasa llamada Dicer en un pequeño fragmento de ARN de interferencia de 2123 nucleótidos de largo (pequeño: interferencia: ARN, ARNip). La nucleasa Dicer pertenece a la familia de las RNasa III y puede reconocer específicamente el ARN bicatenario. Los pequeños fragmentos de ARN producidos tienen dos bases que sobresalen en el extremo 3'. Luego, el ARNip bicatenario se combina con el complejo de ribozima para formar el complejo silenciador inducido por ARN (RISC) y luego entra en la etapa de efecto de interferencia del ARN, es decir, los ARNip abren las dobles hebras para activar RISC, y el RISC activado pasa. a través de las bases Se empareja y se une al ARNm con secuencias homólogas y escinde el ARNm en una posición a 12 bases del extremo 3' del ARNip. Al mismo tiempo, el ARNip se puede utilizar como cebador y el ARNm como plantilla para sintetizar nuevo ARNbc. De esta manera, se puede entrar en el ciclo mencionado anteriormente y se puede continuar cortando el ARNm diana, silenciando así el gen diana y produciendo el fenómeno de ARNi. Se desconoce el mecanismo de escisión exacto, pero cada RISC contiene un ARNip y una nucleasa diferente de Dicer.