La historia tiene lugar en el año 2707. Los recursos de la Tierra se han agotado. Cuatro gobiernos liderados por militares -Congreso, Bauhaus, Mishima e Imperio- se dividen el dominio del mundo y se lanzan a una guerra continua.
Mitch Hunter es un soldado afiliado al Partido del Congreso. Durante una operación, destruyó accidentalmente un antiguo sello de piedra y liberó a un terrible enemigo, que estaba podrido como un malvado monstruo mutante. Este grupo de millones de monstruos mutantes ha empeorado la ya ruinosa Tierra. El líder incluso planeó abandonar la tierra y escapar solo, dejando atrás a innumerables personas inocentes.
Hunter, que escapó por poco del ataque de monstruos mutantes, conoció a Samuel, el líder de la "Hermandad", que poseía un antiguo libro "Crónica". El libro predice la aparición de criaturas mutantes y un grupo de personas llamadas "transeúntes" que finalmente las destruirán. Hunter se une al equipo de Samuel y el grupo se aventura en el centro del mundo oscuro para salvar el mundo. No sólo tendrán que luchar contra un gran número de mafiosos, sino que también tendrán que enfrentarse a ataques de monstruos mutantes no-muertos...
Mutant Chronicles es una típica película steampunk.