La trama de "Prometheus 2" cuenta la historia de un grupo de astronautas que navegan en la nave espacial Covenant hacia un planeta inexplorado en el otro extremo de la galaxia. Querían descubrir un hermoso paraíso pero terminaron en él. un viaje peligroso hacia un infierno oscuro.
La historia tiene lugar en una nave espacial colonial llamada Covenant. La nave espacial transporta a dos mil colonos dormidos. Su destino es el lejano planeta Omega Six, con la esperanza de construir un nuevo hogar allí. Un accidente causó daños a la vela recolectora de energía del Covenant y, lamentablemente, el capitán Branson (James Franco) también murió. Como capitán en funciones, Orang (Billy Crudup) dirigió una tripulación asustada y triste a aterrizar en un planeta desconocido y misterioso. ?
Aquí conocieron al androide David (Michael Fassbender). David aceptó con entusiasmo la llegada de los humanos y contó la historia de su relación con el fallecido Dr. Xiao (interpretado por Michael Noomi Rapace). interpretada por Noomi Rapace) experiencias de vivir aquí. A medida que David se gana gradualmente la confianza del equipo, todos han ido paso a paso hacia el infierno que el primero ha creado cuidadosamente para ellos.