ND sigue el desarrollo de la historia de "Saint Seiya". Seiya es apuñalado en el corazón por la espada de Hades en la batalla final de "Saint Seiya". la espada no se puede retirar. Para destruir la espada, Kido Sa Ribbon viajó instantáneamente a través del tiempo y el espacio hasta la era anterior a la Jihad hace 243 años.
La historia actual muestra dos líneas principales paralelas:
1. Modern (1990): La trama que sigue el arco de Saint Seiya Pure Land. Seiya está gravemente herido y agonizante, y Saori decide decididamente viajar a través del tiempo y el espacio para destruir la Espada de Plutón. Pero el extremo cuidado de Atenea por los humanos enfureció a los otros dioses del Olimpo... Douma, el guerrero del cielo encarcelado por el dios de la luna, fue enviado a asesinar a Seiya. La dirección de desarrollo de la trama moderna apunta vagamente a una guerra más grandiosa en los cielos.
2. Generación anterior (hace 243 años): La diosa de la antigua Jihad hace 243 años llegó a través del tiempo y el espacio en 1990. Debido a la intervención del Dios del Tiempo y el Espacio, Atenea llegó en forma de bebé y había señales de múltiples traidores acechando en el santuario. En este momento, el ejército de Hades liderado por Shui Jing atacó el santuario... En la trama anterior, la vida anterior de Seiya, "Pegaso", era discípulo del ex Silver Saint Shui Jing, y su amigo Aaron se convirtió en Hades. La posición y el verdadero propósito de Shui Jing son vagamente la clave de la antigua Guerra Santa.