El trasfondo argumental del juego se basa en la historia posterior de Tenchu 1 (El triunfo de Tenchu Ninja en aquel momento, la princesa Kikuhime, la hija de Goda Matsu Nobubu). jefe de la familia del Castillo Goda, fue secuestrado por el rey demonio del inframundo, "Plutón". Cuando Rikimaru Ayame derrotó a Plutón, la Ciudad Oscura colapsó repentinamente. Rikimaru y Ayame salieron corriendo con Kikuhime herido, pero el camino fue repentinamente bloqueado por una roca. Para cubrir el escape de Ayame y Kikuhime, Rikimaru abrió un pequeño espacio en la roca y le entregó Izayoi (la espada) a Ayame. No tuvo más remedio que escapar con Kikuhime, pero Rikimaru fue sumergido por la roca. , Ayame mató ferozmente a Rikimaru. El Izayoi (espada) restante está atrapado en la nieve para conmemorar a Rikimaru, y en este juego, Rikimaru renacerá (¡esta es también la razón por la que hay un cuchillo atrapado en la nieve en el CG inicial! esto.)
Después de eso, pasó un año después de la agitación de Plutón, y la familia Goda solo restableció un breve período de paz. Sin embargo, el surgimiento del mágico "Tenlai" trajo las llamas de la guerra aquí. .....