Sinopsis de la trama: Sobre una superficie del mar iluminada por el resplandor de la mañana, flotaba un misterioso barco cargado de bombas. Se determinó que los artículos abandonados en el barco no eran japoneses. Esta noticia causó tensión en todo Japón...
En las aguas de Kioto y el puerto de Maizuru, la Fuerza de Autodefensa Marítima de Japón celebró un evento que permitió al público en general experimentar la navegación a bordo de un destructor Aegis. Conan, Xiaolan, Moori Kogoro y el Cuerpo de Detectives Junior también participaron en el evento. Junto con los niños reunidos de todo el país, quedaron impactados por el tremendo poder de los acorazados de alta tecnología equipados con armas electrónicas. De repente, sonó una gran explosión y una atmósfera tensa se extendió dentro del barco. ¡La nave Aegis fue atacada por un enemigo desconocido y el ejercicio se convirtió en una loca realidad! Pronto, el cuerpo del miembro de las Fuerzas de Autodefensa que perdió su brazo izquierdo fue encontrado flotando en el mar. Lan, el equipo de detectives y otros, que estaban asustados por la inquietud, se calmaron bajo el trato tranquilo de los miembros del equipo de autodefensa, pero aún no sabían el propósito del prisionero. La mano izquierda del miembro del equipo asesinado fue encontrada en el barco, y el tiempo se detuvo a las 5:30 a.m.... En respuesta a la situación anormal, la policía de Osaka y la Prefectura de Kioto también tomaron un helicóptero para iniciar la investigación, pero en el En el barco, había personas que no deberían haber estado en el barco Aegis. La figura de la misteriosa oficial de autodefensa Fujii Nanami... Conan, quien dio un paso adelante para iniciar la búsqueda, confió en gafas de rastreo, un nuevo accesorio, un. vigilancia por teléfono satelital y la ayuda de Haibara, el Dr. Agasa, Hattori y Kazuha en Osaka. Luego, me enteré de que un espía "X" de cierto país se había colado en el barco. ¿Quién es este espía "X"? ¿Qué tiene que ver con el barco sospechoso, el brazo izquierdo perdido del miembro de las Fuerzas de Autodefensa y la misteriosa Oficial de Autodefensa? ¡Lo que es aún más impactante es que el objetivo del espía está en todo Japón! ¡La enorme conspiración escondida en este viaje está más allá de la imaginación y sacudirá a todo Japón! ¡La espada mortal del espía "X" ha apuntado a Xiaolan! "Debes encontrarme... ¡porque Shinichi es un detective!" Un voto intercambiado entre ellos, un compañero que ha jurado proteger hasta la muerte. ¡Conan se involucrará en una guerra de espionaje con un enemigo invisible y enfrentará una misión urgente en aguas peligrosas! Detective inteligente versus espía astuto, ¿quién ganará? !