Conan finalmente encontró la sede de la organización negra y se fue solo. Más tarde, Gin lo descubrió y quería matar a Conan, pero Ai lo salvó y de repente irrumpió, y Volga atrapó a Ai. Después de que Conan escapó, usó algún método que olvidé (sudor...) para engañarlo y conseguir el antídoto. Después de dárselo a Ai, Ai volvió a su estado original. Pero al final, Gin se enteró y atrapó a Conan y Ai. Los llevó a conocer al líder de la organización oscura y descubrió que el líder de la organización resultó ser un ministro del gabinete. ¡La organización negra está completamente afiliada al gobierno!
Resulta que el emperador dejó un edicto difícil de entender, que mencionaba "oscuridad... y demás", y el gobierno pensó erróneamente que era una organización oscura. Y Conan descifró su verdadero significado. En realidad era el emperador quien estaba preocupado por el futuro de Japón...
El ministro del gabinete que conocía el verdadero significado del edicto se desanimó y se le ocurrió la idea de. Disolviendo la organización negra, pero en ese momento Gin lo mató a tiros. Justo cuando Gin estaba a punto de matar a todos, la maestra Judy (Absinthe) tomó a Volga como rehén y quiso escapar. Gin mató a Volga sin dudarlo e hirió gravemente a Judy al mismo tiempo, pero Ai cambió nuevamente en ese momento. En ese momento, Maori llegó con todos y Xiaolan también conocía la verdadera identidad de Conan. Sintiendo que la situación había terminado, Gin detonó una bomba previamente colocada para volar la sede de la organización negra. Xiaolan quiere conseguir el antídoto para Conan y lucha contra Gin en el mar de fuego. Al final, derrotó a Gin y obtuvo el antídoto, pero la explosión lo dejó boquiabierto cuando escapó.
Al final, la verdad salió a la luz. La madre de Gin era una periodista estadounidense y su padre era el emperador muerto. Su propósito es controlar la organización negra y finalmente destruir Japón. La verdadera identidad de Judy es la de una investigadora asignada por el FBI dentro de la organización negra.
Lan Heai resultó herido e inconsciente y fue enviado al hospital para ser rescatado. Ai se despertó rápidamente y Conan tomó el único antídoto y quiso tomarlo, pero se sorprendió al descubrir que Ai había perdido la memoria y su mente había caído al nivel de una niña de 10 años... Al mismo tiempo Al mismo tiempo, Xiaolan había estado en coma debido a su grave lesión. Si no me despierto, el médico dijo que podría quedar en estado vegetativo. Hattori le aconsejó a Conan que tomara el antídoto y volviera a convertirse en Shinichi, lo que podría despertar a Ran. Conan lo pensó una y otra vez y finalmente tomó el antídoto. En el proceso de transformarse nuevamente en Shinichi, Ayumi lo descubrió, y Ayumi se lo contó a Mitsuhiko y Sonata, y los tres acordaron mantener este secreto para siempre.
Xinyi despertó con éxito a Xiaolan. Después de que Xiaolan se despertó, sintió que muchas cosas eran inaceptables para ella. Sucedió que los padres de Xinyi vinieron de los Estados Unidos y querían que Xinyi y Xiaolan estudiaran en los Estados Unidos. Finalmente en el aeropuerto, todos se despiden de Xinyi y Xiaolan para comenzar una nueva vida en Estados Unidos. Todos miraron el avión despegando en el cielo, pero nadie se dio cuenta de que Ai miró la foto grupal que se había tomado con todos y derramó lágrimas en secreto...