El modo historia de este juego será el mismo que el de "Ultimate Storm: Generations". No hay una trama principal, sino que se desarrolla en forma de historias por capítulos. La historia contiene tres capítulos: dos capítulos de Uchiha, el capítulo fundacional de Akatsuki y el capítulo de esperanza distante. Los tres capítulos son historias originales y fueron supervisados personalmente por Masashi Kishimoto.
Los dos capítulos de Uchiha cuentan la historia entre Uchiha Itachi y Uchiha Shisui, los Anbu antes de la masacre. El capítulo de Akatsuki cuenta la historia de cómo Pain y Konan uno por uno bajo la guía de Fei. el reclutamiento de miembros de Akatsuki en la Tierra, y el capítulo Distant Hope cuenta la historia entre la madre de Naruto, Kushina, y el equipo de Minato.
Además, este juego agregará un nuevo modo "Ninja World Fighting Festival", que permite batallas de cuatro grupos, pero está limitado al modo 1P y no se puede usar para batallas en línea. Este juego tendrá tres nuevos cambios, uno es que los jugadores podrán controlar hasta 100 personajes, el otro es un nuevo secreto de fusión y el tercero es un cambio importante en el sistema de combate.
Los modos de batalla de escuadrón se dividen en tres categorías: tipo secreto, tipo despertar y tipo apoyo. Las batallas para un jugador se dividen en tipo secreto y tipo despertar. Sólo se puede seleccionar una de las tres categorías de combate.
Los misterios pueden usar secretos (incluidos secretos combinados) y secretos conjuntos. Los nuevos secretos combinados de este juego se pueden usar con personajes específicos para usar secretos combinados (como Sasuke e Itachi en la versión de prueba). Amaterasu 2nd Level"), el consumo de chakra de los secretos ordinarios se cambia al 40% y el daño no es significativamente diferente del juego anterior. El método de ataque de los secretos combinados se cambia para permitir que el partidario corra primero y luego corra solo. y debe estar en el espacio de tormenta. Solo se puede usar cuando tenga su valor total.
El tipo de despertar puede presionar el joystick derecho en cualquier momento durante la batalla para un despertar instantáneo. A diferencia del juego anterior, el despertar se divide en despertar instantáneo y el verdadero despertar instantáneo es similar al juego anterior. pero cancela la inercia del ataque y la intensidad del sprint, y el verdadero despertar es similar al despertar de la adversidad original. Al igual que el tipo secreto, el verdadero despertar solo se puede activar presionando prolongadamente el botón de chakra cuando el indicador de tormenta está lleno. y el campo cambiará durante el verdadero despertar.
El tipo de apoyo es similar al modo de batalla en equipo de trabajos anteriores. La diferencia es que los dos primeros tipos de este juego solo pueden solicitar asistencia, mientras que el tipo de apoyo es el único que puede lanzar ayuda. ataques impulsados, defensa de recolección de gas, es un tipo que admite operaciones de asistencia como disparos y sustitutos secretos. Cuando el medidor de tormenta está lleno, puedes usar la barrera de sellado para causar una cierta cantidad de daño al oponente y al mismo tiempo. tiempo evita que el oponente use habilidades de tipo combate (misterio, despertar) durante un cierto período de tiempo, y séllalo con un 60% de tanque de chakra y dos tanques sustitutos. Cabe señalar que el soporte en este juego tiene un valor físico. Cuando el soporte es atacado, el valor físico disminuirá. Si llega a cero, morirá, pero resucitará después de un período de tiempo.