En la superficie están Nagato y Obito, pero detrás de la organización está Madara quien controla todo.
Uzumaki Nagato es el líder de superficie y Uchiha Obito es el cerebro detrás de escena (Obito también siguió el plan de Uchiha Madara). Yahiko fue el fundador de Akatsuki al principio. Más tarde, Yahiko lamentablemente murió a causa de "Sansho". " En el plan de Hanzo, Nagato convirtió su cuerpo en Pain Tiandao, y Nagato continuó liderando a Akatsuki como "Pen".
Después, Obito se unió a Akatsuki bajo el nombre del recién llegado "Abi", y usó la muerte de Yahiko para sacar a relucir el lado oscuro de Nagato, haciendo que Akatsuki cayera gradualmente en una organización malvada. Aunque Obito era miembro de la organización, había estado actuando en secreto hasta que el Escorpión de Arena Roja murió en la batalla, luego tomó su lugar y formó un equipo con Deidara. Cuando Deidara murió, usó la identidad de "Uchiha" de "Madara. "apareció frente a Payne y Xiaonan.
Información ampliada:
El propósito de Madara——
Madara una vez se asoció con Senju Hashirama para establecer la primera aldea ninja en la historia del mundo ninja, y Estableció la primera aldea ninja en la historia del mundo ninja. Se llama "Konoha". Bajo el hechizo de Black Zetsu, luchó con Senju Hashirama en el Valle del Fin, pero desafortunadamente fue derrotado por Senju Hashirama.
Ampliamente considerado muerto por el mundo, de hecho sobrevivió con un implante de Izanagi en su ojo derecho. Usa las células de Hashirama para abrir el Samsara Eye antes de morir, crea el Heretic Golem y el White Zetsu producido después de que se abrió el último Tsukuyomi infinito y trasplanta el Samsara Eye a Nagato. Durante la Tercera Guerra Ninja, rescató a Uchiha Obito en la Batalla del Puente Kannabi y planeó usarlo para llevar a cabo el proyecto Eye of the Moon. La primera tarea de llevar a cabo este plan fue controlar la organización Akatsuki de Nagato.