Durante las guerras pasadas, el Ejército Imperial Japonés estableció el Onmyoji para aplicar magia en el ejército, y asignó al genio Onmyoji Tsuchimikado, descendiente del legendario Onmyoji Abe Seimei y jefe de la familia Tsuchimikado. Como líder, Ye Guang creó con éxito reformas en el mundo mágico japonés y se convirtió en el padre de la magia moderna.
Al final de la guerra, el ejército imperial derrotado le pidió a Ye Guang que realizara una ceremonia de encantamiento a gran escala para restaurar la situación. Sin embargo, la ceremonia no solo falló como ejecutor. pero también alteró fuertemente el aura de la capital, Tokio, provocando que cientos de fantasmas caminaran por la noche en Tokio y monstruos deambulando libremente. No fue hasta la guerra que Onmyo Ryo pasó a llamarse Agencia Onmyo y fue responsable de hacer frente a los desastres espirituales que ocurrieron en todo Japón, principalmente en Tokio, y Onmyoji se volvió activo en el escenario moderno.
Tsuchimikado Harutora es un joven nacido en la familia Tsuchimikado. Aunque es descendiente de una famosa familia Onmyoji, no tiene habilidades Onmyoji y vive una vida normal. Un verano, Harutora conoció a su compañera de juegos de la infancia y la próxima jefa de la familia Tsuchimikado, la niña Natsume. Las dos personas que habían hecho promesas en el pasado pero que ahora tomaron caminos separados se encontraron en este momento, y la historia de Tsuchimikado comenzó a girar...