"El secreto de Nogizaka Haruka" cuenta varias historias entre el protagonista masculino Ayase Yuto y su compañero de clase Nogizaka Haruka que asiste a la escuela secundaria privada Shirojo Gakuen. Nogizaka Haruka, una nuera de estilo tocador con hermosa apariencia y talento, es una ídolo escolar con muchos apodos como "Silver Stardust" y "Princess on the Keyboard". Sin embargo, un día, cuando Yuto Ayase fue a la biblioteca a devolver libros en nombre de su amiga Asakura Nobunaga, descubrió accidentalmente su secreto desconocido. De hecho, Nogizaka Haruka es una dama OTAKU bidimensional súper linda. Yuuto descubre accidentalmente este secreto y comienza a comunicarse con Chunxiang sin saberlo...