A Magath le encanta el entrenamiento físico de alta intensidad. El método de entrenamiento más famoso durante su mandato fue el "método de entrenamiento con balón medicinal". Pidía a los jugadores que sostuvieran un balón medicinal muy grande para realizar entrenamiento de fuerza en varios músculos. También le gustaba dejar que los jugadores hicieran carreras de larga distancia en los bosques locales en Alemania. Una vez, cuando los jugadores llegaron a su destino, no les dieron agua para agudizar su voluntad.
Este estilo de entrenamiento ha generado muchas críticas a Magath. Algunas personas piensan que su método de entrenamiento ha aportado carrera activa, lucha feroz y voluntad tenaz al equipo, pero otras personas piensan que sus métodos de entrenamiento están en contra. ciencia y causará lesiones a los jugadores. En este ambiente de entrenamiento, los jugadores de Magath pueden fácilmente sentirse disgustados con el entrenamiento del entrenador, e incluso tener conflictos con el entrenador. Por ejemplo, en 2010, cuando dirigía al Schalke 04, el jugador Rafinha fue criticado por el problema del entrenamiento.