Takamachi Nanoha, una estudiante normal de tercer año de primaria, se convirtió en una chica mágica para ayudar a recolectar las semillas de la Piedra Sagrada. Conoció a Fite en el incidente de la Semilla de la Piedra Sagrada y se hizo amigo de Hayate Yagami en el incidente del Libro de las Tinieblas. En SS, ya es el mago de la Administración del Espacio y el Tiempo, el instructor del equipo de entrenamiento de aviación de la Administración General. y un capitán aéreo de primera clase. La serie "Magical Girl Nanoha" es una historia sobre el amor y el coraje de Nanoha y las chicas que se conocieron y finalmente se hicieron amigas.
La primera temporada de la animación "Magical Girl Nanoha" describe la experiencia de Takamachi Nanoha al convertirse en una niña mágica para ayudar a recolectar las semillas de la Piedra Sagrada y conocer a Fite.
La segunda temporada del anime "Magical Girl Nanoha A's" describe el encuentro entre Yagami Hayate, Nanoha y Fit.
La tercera temporada de la animación "Magical Girl Nanoha StrikerS" describe la historia de Nanoha y otros que crecieron y se convirtieron en instructores del ejército para entrenar a niños pequeños que aspiran a convertirse en excelentes magos y proteger juntos la paz.