Tetsuro Hoshino: En la Tierra del futuro habrá un pequeño número de seres totalmente humanos que no tendrán cuerpos mecanizados. El sueño es ir a la Terminal Ferroviaria 999 donde podrás cambiar tu carrocería mecánica gratis.
Medel (o Metiel): La hija adoptiva del Conde Mecánico. No sé por qué hay dos billetes ilimitados para el tren nº 999. No sé si son seres humanos. Puede haber un pasado triste en Plutón.
Conde Mecánico: En la Tierra, un humano con un cuerpo mecanizado que mató a la madre de Tetsurou y la convirtió en un espécimen en nombre de la caza. Más tarde fue asesinado por Tetsuro.
Capitán: Un miembro de la tripulación del tren nº 999 con una personalidad seria. Su pasado es tan misterioso como su cuerpo.
Adachi: El único compañero de cuarto en el apartamento temporal alquilado por las estrellas en ascenso porque les robaron las entradas. La apariencia es similar a la edad de Tetsuro, un joven muy pensativo y no desanimado. Mientras comía los fideos instantáneos que Tetsuro le dio antes de irse, descubrió Super Express 999. Pero la tía (administradora del apartamento) se rió de mí cuando era un joven que hablaba en sueños.
Kimori Yutaka: El ser humano mecanizado que se encuentra en el Anillo de las Hojas Muertas. El cuerpo está hecho de baniano. La ocupación es pintor. Fue asesinado por el hongo eléctrico que absorbió la energía del frente del tren No. 999.
Sei Masayuki: Un escritor que huyó al Planeta Kagero. Hace treinta años que no tiene contacto con otros humanos y está desafiando la barba, el pelo y la novela más largos del universo. Cuando conocí a Tetsuro y Medel, estaba de camino al manuscrito número 1.311.289.668 de 400 palabras. Luego, vio la belleza de Medel y quiso escapar de este mundo. Después de sorprender a Tetsurou, él y Medel se fueron en el tren 999, pero como era demasiado mayor para tomar el tren, él y Medel regresaron a la estrella de Kagero. ¿Renunciaste a la idea de regresar al mundo humano después de ver el verdadero rostro de Medel? !
Familia Ameba: Nombre real desconocido. Sus hijos hicieron calcos de Tetsurou y Medel en el planeta amorfo Nuruba, y ni siquiera el comandante pudo distinguirlos. Al final, el padre de Amoeba se acercó para reconciliarse y parecía conocer la verdadera identidad de Medel...
Leylan: Una de las residentes de Dark Star, es la hermana de Milu. Su ambición es transformar la Estrella Oscura en un planeta lleno de luz, por lo que su madre y su hermana le encargan a Tetsurou que lo mate. Después de tomar a Medel como rehén, lanzó con éxito un sol artificial, pero no podía aceptar que su hermana se pareciera a él; después de que su hermana matara a Leylan, ella se suicidó afuera de la residencia de este último.
Liu Zhi: Una persona que conoció a Medel y puede controlar libremente la velocidad del tiempo. El tren 999 fue el vigésimo tren en volcar.
Shibali: Un médico en un planeta blindado. No es un humano mecánico sino que tiene un cuerpo parecido a una armadura.
Nudalu: Hijo de Shibali. Pensar que Tetsurou era un intruso y causó una pequeña fricción.