Cuando era un adolescente ingresó en el filial regional de Santander con Munitis y Dela Peña. En 1996 fue recomendado al equipo de Albacete por su tío que era agente. El joven jugador llamó la atención. del Real Madrid, pero los 5,3 millones de dólares ofrecidos por Albacete fueron inaceptables para el entonces presidente del Real Madrid, Sanz. Posteriormente fue adquirido por la Roma por este precio, pero solo jugó 8 veces pero no demostró su verdadero carácter. Más tarde fue exiliado a La Liga para unirse al Espanyol. Después de una temporada, el presidente del Real Madrid, Sanz, lo presentó por una tarifa de transferencia de 6,3 millones de dólares. La primera temporada de Helguera en el Bernabéu fue brillante. El Real Madrid derrotó al Valencia, también español, en la final de la Liga de Campeones de ese año. Esta escena se repitió en Glasgow ante el Bayer Leverkusen en la temporada 2001/02. En la temporada 2002-2003, 6 maravillosos goles ayudaron al Real Madrid a ganar el campeonato de liga por segunda vez después de su incorporación. También participó en 15 partidos de la Liga de Campeones antes de que el Real Madrid fuera eliminado por la Juventus. Jugó en el Real Madrid durante 8 años. Con el equipo ganó 3 títulos de Liga, 2 títulos de Supercopa de España, 2 títulos de Liga de Campeones, 1 Supercopa de Europa y 1 Mundial de Clubes. Se convirtió en uno de los centrocampistas defensivos más famosos de Europa. En julio de 2007 estuvo a la altura y fue traspasado del Real Madrid al Valencia por un importe de 3,5 millones de euros durante tres años. Luego se mudó al Valencia y pasó ese difícil momento con el equipo valenciano, pero el 19 de diciembre. En enero de 2008, debido a desacuerdos con el entrenador en jefe del equipo sobre cuestiones del sistema táctico, se rescindió el contrato con el Bat Corps, al que acababa de unirse por un año. Ha estado desempleado desde entonces. En ese momento, el héroe del Real Madrid se deprimió. Recientemente se dijo que el AC Milan tiene la intención de ficharlo, pero no se ha concretado nada. Le deseamos lo mejor.