Final: Para salvar a Shinji, Rei activó el sistema de autodestrucción de la Unidad Cero y murió con el apóstol. Cuando Misato y Shinji fueron al hospital más tarde, encontraron a Rei todavía viva allí, pero ella. afirmó ser "las Tres Bellezas". Misato obliga a Ritsuko a revelar el lado oscuro de NERV, el cementerio de EVA y el sistema de enchufe de inserción simulado que se ejecuta con los clones de Rei.
Asuka cayó en coma debido a una depresión prolongada, y el nuevo chico Kaoru Nagisa la reemplazó como piloto de la Unidad 2. Shinji inicialmente se hizo amigo de Kaoru, pero luego descubrió que en realidad era el último apóstol. Kaoru lucha contra Shinji, luego se da cuenta de que si la humanidad quiere prosperar, él debe morir y le pide a Shinji que lo mate. Shinji finalmente mató a Kaoru después de algunas dudas.
Este acto desencadenó la evolución forzada de la humanidad, conocida como el "Plan de Finalización Humana", en el que todas las almas humanas se fusionarán en una sola. En el episodio final, el alma de Shinji invierte mentalmente su propia razón de ser y alcanza una epifanía que le permite destruir el muro de actitudes y emociones negativas que lo han atormentado a lo largo de la película. Al final, Shinji sonrió y agradeció a todos, y todos los demás lo aplaudieron (fin de la obra).
Información ampliada:
Resumen de la trama——
Después del "Segundo Impacto", la catástrofe que azotó al mundo, el mundo fue reconstruido sobre las ruinas. El chico de 14 años, Ikari Shinji, fue llamado a New Tokyo 3 por su padre, Ikari Gento. Pensó que sería recibido por su padre, pero en lugar de eso vio una enorme criatura llamada "Apóstol" intercambiando disparos con el ejército. Durante la crisis, Misato Katsuragi de la agencia del servicio secreto NERV rescató a Shinji y lo llevó a la sede de NERV dirigida por Ikari Gento.
Pero lo que saludó a Shinji fue la fría orden de su padre: conducir un robot humanoide gigante llamado "EVA" para luchar contra el apóstol. Shinji, que ya se había negado, decidió obedecer la orden de su padre después de ver al conductor sustituto Ayanami Rei gravemente herido. De esta manera, Shinji, que nunca ha recibido entrenamiento de combate, se prepara para conducir la Unidad EVA 1 para enfrentarse a los apóstoles. ?
Los apóstoles que siguen atacando, la no identificada Rei Ayanami y la conductora Soryu Asuka Langley de Alemania, el chico de 14 años tiene que afrontar desafíos que superan con creces sus capacidades. Pero Ikari Yuandu observa todo con calma y, de acuerdo con su plan, se está realizando un plan misterioso llamado "Plan de finalización humana".