El Chonburi Football Club evolucionó a partir del equipo de fútbol interno del Assumption College Sriracha, una escuela católica. En 1997, se fusionó con el equipo Sannibat-Samutprakan de la Liga de Fútbol Tailandesa y pasó a llamarse Liga Chonburi-Samutprakan (Chonburi-Sannibat-Samutprakan).
Después de que el club Chonburi se separó de Sannibat-Samutprakan, participó en la Liga Provincial Tailandesa (la liga superior paralela a la Superliga tailandesa en ese momento) en 2002, cambió su nombre a Chonburi Red Code y ganó el apodo de Tiburones.
En 2005, Chonburi ganó el campeonato de la liga provincial de fútbol tras derrotar al Nakhon Ratchasima. En 2006, la Liga Provincial de Fútbol de Tailandia y la Superliga de Fútbol de Tailandia se fusionaron. Chonburi participó en la Superliga de Tailandia por primera vez y terminó octavo ese año. En 2007, el equipo ganó el campeonato de la Superliga tailandesa. Al año siguiente, solo perdió una vez en la temporada, pero perdió la oportunidad de defender el título y fue superado por la Oficina Provincial de Electricidad (ahora Buriram United) y terminó segundo. Después de eso, Chonburi nunca tuvo un récord de campeonato, pero no ha caído de los tres primeros de la liga desde 2008.
En 2008, Chonburi participó en la Liga de Campeones de la AFC como campeón de la Superliga tailandesa. En la fase de grupos, se dividió en un grupo con los campeones Gamba Osaka, Melbourne Victory y Jeonnam Tianlong. Al final, Chonburi acabó último con 1 victoria, 2 empates y 3 derrotas. Sin embargo, el partido fuera de casa por 1-1 contra el Gamba Osaka, la victoria en casa por 3-1 sobre el Melbourne Victory y el empate 2-2 contra el Jeonnam Dragons en casa todavía dejaron una profunda impresión en la gente. En 2009, Chonburi participó por primera vez en la Copa AFC y llegó hasta los cuartos de final. Al final, perdió ante Binh Duong de Vietnam y, lamentablemente, quedó eliminado. En 2011, Chonburi reapareció. En los cuartos de final se enfrentó al actual campeón Nasav de Uzbekistán. Los dos equipos derrotaron a sus oponentes 1-0 en el partido de visitante, lamentablemente Chonburi perdió ante sus oponentes 3-4. En 2012, Chonburi participó en las eliminatorias de la Liga de Campeones de la AFC como subcampeón de la Superliga tailandesa y se enfrentó al Pohang Ironman de Corea del Sur. En el hielo y la nieve, Chonburi perdió ante sus oponentes 0-2 en el partido de ida, pero su actuación. en el juego seguía siendo satisfactorio. Chonburi fue eliminado para participar en la Copa AFC. Esta vez, Chonburi se enfrentó al Club de la Policía Siria en los cuartos de final. Chonburi perdió 1-2 en casa y ganó 2-1 como visitante y Buri concedió un gol primero, pero el delantero brasileño Cunha. Marcó dos goles más para completar el hat trick y finalmente llegó a las semifinales. En las semifinales, Chonburi perdió 1-4 en casa y fuera ante el Abir Club de Irak. A las 19:30 de la tarde del 15 de febrero, hora de Beijing, Chonburi marcó el comienzo de un partido eliminatorio único contra Beijing Guoan en el partido de clasificación de la Liga de Campeones de la AFC 2014 en el Estadio de los Trabajadores, y finalmente perdió 0:4.