La razón por la que sólo hay "Trece Tumbas" entre los mausoleos imperiales de la Dinastía Ming ubicados en Beijing es que solo hay trece reyes de la Dinastía Ming enterrados en el mausoleo imperial aquí, y los otros tres no están enterrados por algunas razones. Entre los dieciséis emperadores de la dinastía Ming, los reyes que no están enterrados en las Tumbas Ming son Zhu Yuanzhang, Zhu Yunwen y Zhu Qiyu.
La razón por la que Zhu Yuanzhang no está enterrado en las Tumbas Ming es porque cuando estaba en el poder, Beijing no era la capital de la dinastía Ming, y su capital era Nanjing. Por este motivo, también se eligió la ubicación de la tumba del rey cerca de la capital, Nanjing. El cambio de capital en la dinastía Ming se produjo durante el reinado de Zhu Di, muchos años después de la muerte de Zhu Yuanzhang. Después de la muerte de Zhu Yuanzhang, su cuerpo fue enterrado en el mausoleo Xiaoling en la montaña Zijin, que es lo que ahora llamamos a menudo mausoleo Ming Xiaoling. Aunque la dinastía Ming luego trasladó la capital, la tumba de Zhu Yuanzhang permaneció sin cambios de principio a fin, por lo que Zhu Yuanzhang no fue incluido en las Tumbas Ming.
Zhu Yunwen no fue enterrado en las Tumbas Ming porque desapareció tras tomar el poder. Como todos sabemos, Zhu Yunwen fue privado del poder imperial por su tío Zhu Di después de sólo unos cuatro años en el poder. Cuando todo estuvo perdido, Zhu Yunwen se quemó en el palacio junto con la reina y el príncipe. Por lo tanto, después de que Zhu Di entró al palacio, solo vio unos pocos cadáveres carbonizados que estaban tan quemados que era difícil distinguir su verdadera apariencia. Es precisamente por esta razón que Zhu Di nunca creyó que Zhu Yunwen realmente murió en el mar de fuego, por lo que nunca se olvidó de investigar el paradero de Zhu Yunwen después de que ascendió al trono. Dado que el paradero de Zhu Yunwen nunca se ha determinado claramente, no tiene tumba.
Zhu Qiyu fue el único rey de la dinastía Ming que no fue enterrado en las Tumbas Ming después de que la Dinastía Ming trasladó la capital. La razón de esto fue que ofendió a Zhu Qizhen. Zhu Qizhen y Zhu Qiyu eran hermanos. Como hermano mayor, Zhu Qizhen ascendió al trono primero después de la muerte de Xuanzong de la dinastía Ming. Pero más tarde, Zhu Qizhen cayó en manos del enemigo porque dirigió el ejército en una expedición que duró un año. Durante este período, la corte Ming apoyó a Zhu Qiyu como emperador para resolver la crisis, y Zhu Qiyu luego puso a Zhu Qiyu, quien regresó a la dinastía Ming, bajo arresto domiciliario. Cuando Zhu Qizhen fue restaurado con éxito en el poder, se negó a permitir que Zhu Qiyu fuera enterrado en el mausoleo imperial en venganza por siete años de arresto domiciliario.