El propósito original de la organización Akatsuki era construir la paz mundial y no más guerras. Nagato, Yahiko y Konan formaron la organización Akatsuki. Posteriormente, la organización se volvió cada vez más poderosa. También es más alto. Este asunto era conocido por el líder de Rain Ninja Village, Sanshouyu Hanzo. Si se prolongaba más, su estado estaría en peligro. Después de discutir con Danzo, decidió eliminar la organización Akatsuki, y luego. Yahiko hizo una cita para negociar y preparar una trampa. Hanzo tomó a Konan como rehén e intercambió la vida de Yahiko. Luego Yahiko cayó sobre el kunai de Nagato. Nagato estaba muy enojado y canalizó al demonio hereje para matar a los hombres de Hanzo. Usó la técnica de teletransportación para escapar.
Más tarde, Nagato usó la habilidad del Ojo de Samsara para crear los Seis Caminos del Dolor y mató a Sansho Hanzo. Luego Nagato admitió el plan del Ojo de la Luna de Obito, y la organización Akatsuki gradualmente se convirtió en una organización ninja rebelde.