En la ronda C de la Copa de Europa de 2016 sufrió una lesión directa al ser abordado por Payet y abandonó el campo. En la final de la Copa de Europa de 2016, Portugal se enfrentó a Francia Poco después del inicio de la primera parte, Payet hizo una entrada maliciosa y cometió una falta durante una pelea. Como resultado, la pierna izquierda de Ronaldo se deformó significativamente. Esta falta provocó directamente que Ronaldo se lesionara. y abandonar el campo. Pero al final, en el minuto 109 de la prórroga, un disparo lejano de Ederson fue el ganador. Portugal ganó la Copa de Europa por primera vez en la historia y Ronaldo también ganó el primer gran campeonato para la selección nacional en su carrera. En esta Copa de Europa, Cristiano Ronaldo aportó 3 goles y 3 asistencias a Portugal. Aunque se lesionó al principio de la final, la escena en la que animaba a sus compañeros al margen también fue impresionante.