Hola, sí.
Puedes jugar con cualquier cartucho de juego original de NDS con 3DS.
Si es una ROM descargada, comprueba el soporte de la tarjeta flash.
Si la tarjeta flash admite el juego y el anfitrión puede ejecutar la tarjeta flash, también se puede jugar.
Por ejemplo, en la serie Pocket, el último Black and White 2 para DS ya admite la grabación de tarjetas 3DS.
Espero que mi respuesta te pueda ayudar.