La mundialmente famosa Watsonton Company finalmente ha desarrollado un medicamento para tratar los "genes mutantes". Por primera vez, los mutantes finalmente tienen derecho a elegir su propio destino: o renunciar a sus superpoderes y convertirse en humanos reales. O negarse a aceptar el "tratamiento", mantener habilidades mutantes únicas y continuar aislándose y convirtiéndose en extraterrestres. Sin embargo, la elección ya no es libre. Bajo la alienación de los científicos militares, el miedo y el odio de la humanidad hacia los mutantes están más allá de la imaginación. El profesor "orientado a la paz" no puede tomar una decisión bajo la amenaza.
Magneto, que está empeñado en hacer que los mutantes dominen el mundo, siente que esta situación sin retirada es la mejor oportunidad. Después de escapar del cautiverio, se vuelve extremadamente poderoso y astuto, absorbiendo una gran cantidad de mutantes. Se reúnen nuevas fuerzas en un poderoso ejército mutante, listo para destruir la Compañía Watson y hacer que los humanos se rindan. ¡Una guerra racial sin precedentes está a punto de comenzar!
Los X-Men caerán inevitablemente en este conflicto. Sin embargo, a lo que se enfrentarán no solo a los humanos que los temen y odian, a sus propias luchas internas y a la tentación de Magneto, sino también... Está el resucitado Jean Grey, sus compañeros de X-Men con habilidades no ofensivas como telepatía, telequinesis y teletransportación. "Dark Phoenix", cuya personalidad comenzó a dividirse salvajemente después de escapar de la muerte, se convirtió por completo en la Reina de las Tinieblas. Reclutada por Magneto, destruirá todo lo que se interponga en su camino. Frente a la destrucción de los humanos, los mutantes e incluso el mundo, los X-Men no tienen forma de retirarse...