La historia tiene lugar en el futuro, no muy lejos del presente. El mundo que conocemos los humanos no parece haber cambiado mucho, pero hay constantes informes de "bestias alienígenas" que causan caos en todo el mundo. Para resolver en secreto este problema, se creó la organización de defensa global TLT y su sucursal japonesa se llamó TLT-J. La organización subordinada de TLT-J es Night Raider NR (Night Raider). Su misión es destruir en secreto a las bestias alienígenas.
Nuevas bestias alienígenas enemigas aparecieron repentinamente frente al equipo de incursión nocturna con un historial impresionante, y cayeron en una amarga batalla. En ese momento apareció Ultraman Nexus, el gigante de la luz. También aparece el sucesor de Ultraman Nexus, el fotógrafo de guerra desaparecido Jun Himeya. Ultraman Nexus usó los pliegues de la fase para crear su propio espacio de batalla "Meta Realm". Después de volverse gigantesco, atrajo a la bestia alienígena a este espacio para luchar. Más tarde, los cazas Chester de TLT también podrán ingresar a este espacio después de combinarse para luchar con Nexus.
El nuevo miembro del equipo de TLT, Ikki Kudo, maneja tareas ocupadas con el Capitán Wakura y otros miembros del equipo. Pero desde que conoció a Ji Yazhun, tuvo preguntas sobre su misión y el entorno que lo rodea: ¿Qué tipo de secretos esconde la organización? ¿Cuál es el pasado de los miembros del equipo? ¿Cuáles son las verdaderas formas de Nexus y las bestias alienígenas?