Los principales organismos del gobierno central que gestionan los asuntos de seguridad social son el Ministerio de Recursos Humanos y Seguridad Social, el Ministerio de Asuntos Civiles, el Ministerio de Salud y el Ministerio de Finanzas. El Ministerio de Recursos Humanos y Seguridad Social se encarga de gestionar el seguro de pensiones, el seguro de desempleo, el seguro médico de los empleados urbanos, el seguro contra accidentes laborales, el seguro de maternidad y otros proyectos; el Ministerio de Asuntos Civiles se encarga de gestionar la ayuda social y el bienestar social; atención y colocación preferencial y otros proyectos; el Ministerio de Salud es responsable de administrar el sistema médico cooperativo rural; el Ministerio de Finanzas es responsable de formular políticas fiscales y sistemas financieros y contables para la seguridad social, implementando la supervisión financiera de los ingresos y gastos de la población; fondos de seguridad social y provisión de fondos de subsidio para planes de seguridad social. Los gobiernos provinciales, municipales y de condado tienen los mismos organismos administrativos para llevar a cabo las funciones correspondientes de seguridad social.
El gobierno central, las provincias, las ciudades y los condados han establecido respectivamente agencias de seguro social sin fines de lucro afiliadas a los departamentos administrativos de recursos humanos y seguridad social del gobierno, que actualmente cuentan con 100.000 empleados. Las principales responsabilidades son gestionar el registro del seguro, cobrar las primas del seguro social, registrar pagos, gestionar cuentas personales, confirmar y pagar beneficios, gestionar los fondos del seguro social, realizar consultas, etc. Los acuerdos de seguro social firmados entre China y otros países son implementados por agencias de seguro social de nivel central.