La historia se originó hace 25 años cuando el científico Halan Wade descubrió que su hija adoptiva de 8 años, Alma Wade, tenía un superpoder llamado Telepatía. Puede mover cualquier objeto a otro espacio al instante, incluidos los organismos vivos. Después de enterarse, Armacham Technology Corporation (ATC) decidió invertir mil millones de dólares para investigar y desarrollar nuevas armas con estudiantes de doctorado. El nombre de este proyecto era Proyecto Origen y el objetivo era su propia hija. Encarcelada en un enorme contenedor VAULT y sometida a interminables experimentos durante 7 años para replicar sus superpoderes, ATC embarazó por la fuerza a la niña de 15 años y dio a luz a dos niños, uno de ellos es Paxton Fettel, y en. Además de controlar a los soldados, su habilidad también se puede obtener comiendo los cerebros de los cadáveres. Seis días después de dar a luz, Alma abandonó el mundo debido a una tortura insoportable y una depresión posparto, y ATC le tenía miedo. Sus superpoderes se filtraron y mantuvieron. el sótano.
Hoy, 25 años después, se produjo una filtración en el fuertemente custodiado ATC. El testamento de Alma fue transmitido a su hijo Paxton Fettel, y a través de él ella lanzó su plan de venganza.
Al final, el protagonista se enteró de que era otro bebé dado a luz por Alma, y que todo el plan estaba dirigido por ATC. Su propósito era cultivar súper soldados, y esta misión era la última. En una prueba, después de que el protagonista supo la verdad, decidió destruir el reactor nuclear dentro del ATC y provocar una explosión nuclear para destruir el ATC. Cuando el protagonista abandonó el interior, ocurrió una explosión nuclear. Afortunadamente, el protagonista solo resultó afectado. por la onda de explosión del helicóptero F.E.A.R, pero poco después de subir al helicóptero, el protagonista vio de repente la figura de su madre.