El club es propiedad del magnate multimillonario de los metales Suleiman Kerimov.
El Anzhi Makhachkala Football Club fue fundado en 1991 y participó en la Liga Rusa de Fútbol en 1992. En 1992, el equipo participó en la segunda división y ascendió con éxito en 1996 bajo el liderazgo de Eduard Malofev. En 1999, el equipo ganó el campeonato de primera división.
El club fue fundado en 1991. En el año 2000, el equipo entró por primera vez en la liga superior y obtuvo el cuarto lugar en la liga. Antes del último, el equipo todavía estaba en el tercer lugar en la liga. En la última ronda de la liga, fue contra Moscú. En el minuto 95 del partido Torpedo (el quinto minuto del tiempo adicional), recibieron un tiro penal y perdieron el juego. Equipo Torpedo, quedando fuera de la "Tercera A" y ocupando el cuarto lugar. El cuarto puesto del Anyri Football Club en la liga se ha convertido en el mejor resultado de la historia del club hasta el momento. En 2001, el equipo avanzó a la final de la Copa de Rusia, pero perdió ante el Lokomotiv de Moscú en la tanda de penaltis.
En 2002, el equipo de Anri sólo acabó 15º en la Superliga y descendió a Primera División. En 2009, Anri ganó el campeonato de primera división y regresó a la liga superior después de 7 temporadas. El 5 de diciembre de 2010, el defensa del equipo Shamir Burziev murió en un accidente automovilístico a la edad de 25 años. .
El 18 de enero de 2011, el club fue comprado por el multimillonario y magnate de la industria del metal Suleiman Kerimov. En febrero, el equipo fichó a Roberto Carlos, una famosa estrella brasileña al final de su carrera, dándole un salario anual de 9 millones de dólares.