Hermano: Simon (nacido el 1 de enero de 1992)
Esposa: Lisa (comenzaron a salir en 2008, se comprometieron en el verano de 2009, notaría: Ismaning, Múnich) Muller Cuándo Conocí a Lisa, todavía era jugadora del equipo reserva. Una vez, Bud, el compañero de equipo de Muller, y su novia Lina tuvieron una pelea, Bud pidió a Muller que lo ayudara y Lina invitó a Lisa a ayudar. Mueller y Lisa incluso se pelearon para descargar su enojo con sus amigos. Lisa dijo que ambos se odiaban un poco en ese momento y que nunca volvieron a tener contacto. Cuando se enamoró de Lisa, Muller todavía era un jugador del segundo equipo que acababa de firmar un contrato. Lisa le dijo: "Definitivamente puedes convertirte en un jugador profesional, definitivamente puedes convertirte en miembro del equipo nacional". Lisa es una excelente jockey y entrenadora. Cuando Lisa está ocupada en los establos, Mueller también la acompaña afectuosamente. "Normalmente me quedo quieta y observo, siempre y cuando no parezca demasiado estúpida".
En 2009, los dos se casaron de manera discreta. Lisa asistía a casi todos los partidos. La celebración de gol favorita de Müller era lanzarle un beso a su esposa en las gradas. Lisa dijo que para ella Muller sigue siendo la misma persona divertida y normal que nunca ha cambiado. El humor es el secreto para mantener vivo el amor de esta joven pareja. Mueller dijo: "Ella se reía a carcajadas conmigo en casa, y ambos éramos muy buenos divirtiéndonos en casa. No sé hasta qué punto el sentido del humor jugó un papel en mi búsqueda de ella, pero definitivamente ayudó". "
Bayern Social King: el "Bild" alemán clasifica el número de seguidores en Facebook de las estrellas del Bayern de Múnich, entre las que Müller encabeza la lista. Según esta lista, el internacional alemán Müller tiene el mayor número de fans en Facebook del Bayern, con más de 4,9 millones. Su página personal también es la que se actualiza más rápidamente entre el Bayern. En una entrevista, Muller reveló a Bild que él mismo actualizó el contenido de la página web.